Долго я думал как адекватно дать команду PuTTY что бы копировать файлы с Линукс сервера на свой компьютер.
Ответ прост FileZilla поддерживает SCP .

Устанавливаем ее на виндовс комп, добавляем новый сайт -> выбираем sftp -> вводим логин и пароль от ssh выбираем порт и все.