Столкунлься с проблемой когда хочу создать jar файл в [Java] где main метод [Java class] находиться в не корневой директории.
То есть класс майн распологаеться допустим так
\\
\\updater\Updater.class(main)
\\user\User.class
\\Minifest.txt
Файл манифест нам нужен для того что бы собрать jar в него будут записанны другие данные так что не переживайте что мы будем писать захардокренные пути. Так будет выглядить содержимое

Manifest-Version: 1.0
Main-Class: updater.Updater
Class-Path: file:///Disk:/project/updater

Еще не збудем в классе с методом main указать пакет
И в классе User

package updater;
package user;

потом собираем jar командой

jar cfm test.jar Manifest.txt  ./*/*.class

где

test.jar

это путь с именем файла где будет наш jar

Manifest.txt

Это файл манифеста на его основе будет создан манифест в jar

./*/*.class

Это файлы нашего проекта.

Вот и все проверяем это все командой

java -jar test.jar

И геморрой проходит!